Na de staatsgreep van 1962 onteigende de communistische militaire regering alle kerkelijke scholen en ziekenhuizen. Enkele jaren later (1966) werden alle buitenlandse missionarissen, die na de onafhankelijkheid naar Myanmar gekomen waren, het land uitgezet. Zij vormden echter het grootste deel van de zielzorgers. Er waren maar weinig eigen priesters. De militaire regering, maar ook katholieken zelf hielden al rekening met het verdwijnen van de kerk.
Christenen kregen te maken met het verbod om nieuwe kerken te bouwen en het geloof openlijk te verkondigen. Ook samenkomsten van gelovigen waren amper mogelijk, omdat men toestemming van de overheid nodig had en die werd zelden gegeven. Maar ook in hun beroepsleven hadden christenen te lijden onder discriminatie. Als men een christelijke voornaam had, kon men geen carrière maken.
Ondanks al deze beperkingen en voortdurende controle door de staat is de katholieke kerk, hoewel klein in aantal (600.000), niet verdwenen. Sinds vele beperkingen, bijvoorbeeld het verbod op religieuze lectuur, opgeheven of versoepeld zijn, is het makkelijker geworden het geloof openlijk te belijden en groeit de kerk.

Het leven onder de militaire dictatuur heeft zijn sporen nagelaten in de kerk. Toen het Tweede Vaticaans Concilie in 1962 bijeen geroepen werd, waren vanuit Myanmar zes missiebisschoppen aanwezig. Zij mochten echter na afloop het land niet meer in.
Door de complete isolatie van de buitenwereld die de militairen sinds 1962 doorvoerden, was het ook voor de katholieke kerk in Myanmar onmogelijk contact te hebben met de rest van de wereld. Als gevolg daarvan hebben de resultaten van het Tweede Vaticaans Concilie weinig tot geen effect gehad op het leven, pastoraat en structuur van de kerk in Myanmar. Tot voor enkele jaren werden de teksten en de theologie van het concilie niet onderwezen aan priesterstudenten in Myanmar.
Belangrijke uitkomsten van het concilie, zoals de liturgische vernieuwing en de theologie van het volk Gods onderweg, zijn in Myanmar niet aangekomen. De beleving van het geloof is er anders dan in vele westerse kerken.

Hoewel de katholieke kerk nog steeds geen eigen scholen en ziekenhuizen mag hebben, zet ze zich wel in op het terrein van het onderwijs en de gezondheidszorg, vanouds de gebieden waarop de kerk werkzaam is.
Het onderwijs in Myanmar was ooit, naar Brits voorbeeld, een van de beste in Azië. Toen de militairen aan de macht kwamen, bleef daar weinig van over. Er is weinig geïnvesteerd en soms werden universiteiten jarenlang gesloten.
In de landelijke gebieden spelen kerkelijke internaten een belangrijke rol. Omdat er in veel dorpen geen scholen zijn, wonen de scholieren tijdens het schooljaar op het internaat dat naast de openbare staatsschool is gelegen. Daarnaast organiseert de katholieke kerk ook zomerkampen, waar de kinderen en jongeren les krijgen volgens hedendaagse pedagogische inzichten.
In de gezondheidszorg zet men zich in voor mensen met een lichamelijke of geestelijke beperking. Deze mensen worden in Myanmar gestigmatiseerd, omdat een handicap in deze cultuur duidt op een slecht karma. Deze opvatting wordt niet alleen gebezigd door boeddhisten, maar ook door christenen.
Daarnaast houdt de kerk zich ook bezig met armoedebestrijding en de opvang van vluchtelingen en weeskinderen.